Puerta se convirtió en profesional en 1995 y en 1998 terminó la temporada en el puesto número 39 del ranking mundial después de ganar el ATP de Palermo y llegar a la final en San Marino.
En 2000 tuvo el segundo mejor récord sobre polvo de ladrillo detrás del brasileño Gustavo Kuerten. Esto se debió a que ganó el ATP de Bogotá, y fue finalista en México, Santiago, Gstaad y Umag. Finalizó la temporada en la posición número 21 del ranking mundial.
A partir de 2001 bajó notablemente su nivel a causa de las lesiones, y a principios de 2004 fue sancionado con nueve meses de inactividad por dar positivo en un control antidoping (clembuterol).